Здравствуйте, Сергей! С 01.01.2016 г. срок владения (для целей освобождения от налогообложения) имуществом составляет 5 лет в Вашем случае.
НК РФ статья 217.:
4. В случаях, не указанных в пункте 3 настоящей статьи, минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет пять лет.
Это для Вашего случая. Поэтому налог может быть с 5 млн. — 1 мдн. = 4 млн. х 13 % = 520 тыс.
НО: если Вы представите документы о доп. вложениях в эту квартиру — на ремонт, например, то можете также уменьшить сумму налога на расходы.