Как вернуть излишне уплаченный налог?

Здравствуйте.

Излишне уплаченного налога у Вашей супруги пока и нет. На 31.12.2019 года она оставалась нерезидентом. 

В 2020 году статус будет определяться при каждой выплате дохода, а окончательно по итогам года.

Привожу  разъяснения Минфина, данные им в Письме от 26.09.2017 г. N 03-04-06/62127 https://www.audit-it.ru/law/account/926421.html

Вместе с тем, если в течение налогового периода работник приобрел статус налогового резидентаи этот его статус больше не может измениться (то есть физическое лицо находится в Российской Федерации более 183 дней в текущем налоговом периоде), суммы вознаграждения, полученные работником от работодателя за выполнение трудовых обязанностей с начала налогового периода, подлежат налогообложению по ставке 13 процентов.

В таких случаях работодателям — налоговым агентам следует руководствоваться положениями пункта 3 статьи 226 Кодекса, согласно которым исчисление сумм налога производится налоговыми агентами на дату фактического получения дохода, определяемую в соответствии со статьей 223 Кодекса, нарастающим итогом с начала налогового периода применительно ко всем доходам (за исключением доходов от долевого участия в организации), в отношении которых применяется налоговая ставка, установленная пунктом 1 статьи 224 Кодекса, начисленным налогоплательщику за данный период, с зачетом удержанной в предыдущие месяцы текущего налогового периода суммы налога.

Таким образом, начиная с месяца, в котором число дней пребывания работника в Российской Федерации в текущем налоговом периоде превысило 183 дня, суммы налога, удержанные налоговым агентом с его доходов до получения им статуса налогового резидента по ставке 30 процентов, подлежатзачету при определении налоговой базы нарастающим итогом по суммам доходов работника, включая доходы, с которых налог удерживался по ставке 30 процентов.

Если итогам 2020 года будет переплата по НДФЛ, то супруга сможет ее вернуть в 2021 году на основании заявления и налоговой декларации согласно п. 1.1 ст.231 НК РФ

1.1. Возврат суммы налога налогоплательщику в связи с перерасчетом по итогу налогового периода в соответствии с приобретенным им статусом налогового резидента Российской Федерации производится налоговым органом, в котором он был поставлен на учет по месту жительства (месту пребывания), при подаче налогоплательщиком налоговой декларации по окончании указанного налогового периода, а также документов, подтверждающих статус налогового резидента Российской Федерации в этом налоговом периоде, в порядке, установленном статьей 78 настоящего Кодекса.