Можно ли выписать бывшего мужа с квартиры, если квартира покупалась на материнский капитал?

Ваш муж является наряду с вами собственником квартиры, поэтому в соответствии со ст.235 ГК РФ:
1. Право собственности прекращается при отчуждении собственником своего имущества другим лицам, отказе собственника от права собственности, гибели или уничтожении имущества и при утрате права собственности на имущество в иных случаях, предусмотренных законом.
2. Принудительное изъятие у собственника имущества не допускается, кроме случаев, когда по основаниям, предусмотренным законом в судебном порядке.
Согласно ст.35 ЖК РФ:
В случае прекращения у гражданина права пользования жилым помещением по основаниям, предусмотренным настоящим Кодексом, другими федеральными законами, договором, или на основании решения суда данный гражданин обязан освободить соответствующее жилое помещение (прекратить пользоваться им). Если данный гражданин в срок, установленный собственником соответствующего жилого помещения, не освобождает указанное жилое помещение, он подлежит выселению по требованию собственника на основании решения суда

.    В соответствии с п.3 ст.30 ЖК РФ, собственник жилого помещения несет бремя содержания данного помещения и, если данное помещение является квартирой, общего имущества собственников помещений в соответствующем многоквартирном доме, а собственник комнаты в коммунальной квартире несет также бремя содержания общего имущества собственников комнат в такой квартире, если иное не предусмотрено федеральным законом или договором.
   Исходя из  этого, выписать его из квартиры возможно только тогда, когда он не будет ее собственником, продаст или подарит свою долю вам.
   Если у него  есть задолженность по алиментам, по коммунальным платежами и другим расходам по содержанию квартиры, например: необходимые ремонты и пр., которые он обязан оплачивать пропорционально своей доли,  Вы можете, предложить ему добровольно в счет долга по отступному передать свою долю в квартире, а в случае отказа обратиться с иском в суд об обращении взыскания на его долю в праве на квартиру. Если этого нет, то можно обратиться  опять же в суд о выделе своих долей в натуре или разделе квартиры ( но это не просто и затратно)  и это целесообразно при   невозможности раздела, тогда Вас обяжут выплатить ему компенсацию и вся  квартира будет ваша с детьми.
Только когда он утратит  право на свою долю, Вы без труда сможете выписать его.