Добрый день!
В рассматриваемой ситуации принять к вычету НДС можно в полном объеме, если соблюдаются условия для вычета: налог предъявлен продавцом, имеется оформленная счет-фактура, недвижимость используется в операциях облагаемых НДС, основное средство оприходовано (ст.171-172 НК РФ)
Согласно текста вопроса условия для принятия к вычету НДС в полном объеме имеются — речь о продаже нежилого помещения, которое планируется сдавать в аренду.
Согласно п.1 статьи 172 НК РФ вычеты сумм налога, предъявленных продавцами налогоплательщику при приобретении (уплаченных при ввозе на территорию Российской Федерации) основных средств, оборудования к установке, и (или) нематериальных активов, указанных в пунктах 2 и 4 статьи 171 Кодекса, производятся после принятия на учет данных основных средств, оборудования к установке, и (или) нематериальных активов в полном объеме.
Под основными средствами понимается часть имущества, используемого в качестве средств труда для производства и реализации товаров (выполнения работ, оказания услуг) (ст.257 НК РФ).
С учетом планируемой деятельности, приобретаемое помещение у вас будет являться основным средством и соответственно в разных налоговых периодах в течение трех лет частями принимать налог к вычету вы не можете. (Письмо Минфина России от 18.05.2015 № 03-07-РЗ/28263)
принятие к вычету налога на добавленную стоимость на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров (работ, услуг), за исключением основных средств, оборудования к установке, и (или) нематериальных активов, нормам Кодекса не противоречит.