Как нам быть в данной ситуации?

Добрый день, Антон!

Абзац 2 части 1 Налогового Кодекса указывает, что: 

Расходами признаются обоснованные и документально подтвержденные затраты, осуществленные налогоплательщиком.
Под обоснованными расходами понимаются экономически оправданные затраты, оценка которых выражена в денежной форме.
Под документально подтвержденными расходами понимаются затраты, подтвержденные документами, оформленными в соответствии с законодательством Российской Федерации, либо документами, оформленными в соответствии с обычаями делового оборота. 

Расходами признаются любые затраты при условии, что они произведены для осуществления деятельности, направленной на получение дохода.

Таким образом, имеется несколько критериев, по которым можно выделить расходы в понимании Налогового Кодекса:

1) обоснованность расходов — их экономическая оправданность, целесообразность (по данному критерию я Ваши расходы оценить не могу, так как не имею достаточно информации);

2) направленность затрат на получение в конечном счете прибыли (здесь Вам необходимо будет обосновать как, во-первых, купленный товар принес Вам прибыль — то есть показать документы, по которым Вы его продали дороже, а во-вторых, необходимо составить соответствующие документы, которые подтвердят тот факт, что Вы использовали тот же товар в своих хозяйственных целей, опять же, в целях дальнейшего извлечения прибыли. На будущее — когда нужно купить однородный товар и на продажу, и для своего использования, составляйте два отдельных договора).

3) документальная подтвержденность расходов — здесь у нас проблемы. Вы за товар заплатили, а документов, которые бы подтверждали, что Вы его получали, нет. По документам, в итоге, это выглядит так, будто Вы заплатили за товар, но Вам его не поставили.

Самый простой вариант разрешения вопроса в данной ситуации — обратиться к поставщику и попросить его составить отгрузочную документацию задним числом.

Буду рад ответить на дополнительные вопросы!