Потеряны ли вложенные в квартиру деньги, если суд отменил разрешение на строительство?

Ангелина, скорее всего суд будет не один — застройщик обязательно будет обжаловать данное решение.

Кроме того, Вы можете в случае невыполнения Вашим застройщиком принятых на себя обязательств по договору ДДУ предъявить ему претензии. Если у Вас все было оформлено надлежащим образом, то  по ФЗ №214 «Об участии в долевом строительстве…» права дольщиков на возврат уплаченных денежных средств и выплаты неустойки и возмещения ущерба обеспечены залогом самого дома и земельного участка (прав аренды на земельный участок), либо поручительством банка. 

Опять же при расторжении договора по вине застройщика могут быть предусмотрены штрафные санкции виновной стороне.

Поэтому все зависит от Ваших документов и конкретной ситуации.