Здравствуйте Иван!
Нотариальное заверение подписи Заявителя (как правило это руководитель ООО) осуществляется только на Заявлении ф 13001, которое Вы сдаете при регистрации изменений в ЕГРЮЛ в связи с выходом второго участника.
Заверять подпись на решении (протоколе) — не требуется
Основание: пункты 5.17.4. и 2.20.5 Приказа ФНС России от 25.01.2012
Приказ ФНС России от 25.01.2012 N ММВ-7-6/25@ (ред. от 25.05.2016) «Об утверждении форм и требований к оформлению документов, представляемых в регистрирующий орган при государственной регистрации юридических лиц, индивидуальных предпринимателей и крестьянских (фермерских) хозяйств» (Зарегистрировано в Минюсте России 14.05.2012 N 24139)
5.17.4. Раздел 4 заполняется с учетом положений пункта 2.20.5 настоящих Требований.
В соответствующей строке заявитель ставит свою подпись, подлинность которой должна быть засвидетельствована в нотариальном порядке.
Допустил опечатку — форму Заявления Р14001