Как выйти из ООО одновременно двум соучредителям, один из которых генеральный директор?

Прежде всего, Вам нужно удостовериться, что (п. п. 1, 2 ст. 26 Закона об ООО), что
1) уставом общества прямо предусмотрено право участника выйти. Если такого права нет, то выйти из общества нельзя;
2) после его выхода в обществе останется хотя бы один участник.

Если право на выход есть и в обществе остается еще как минимум один участник, то нужно составить заявление о выходе и обратиться к нотариусу для удостоверения заявления о выходе, затем направить заявление в общество.

Если в ООО всего два участника, то выход обоих участников из общества невозможен. 

Что касается участника-директора, то Вам нужно совершить две самостоятельные юридические процедуры: 1) выход из общества и 2) смена директора.