Будут ли какие проблемы и надо ли идти в суд и объяснять что это одно и тоже заявление?

Здравствуйте!

Проблем не будет, будет путаница. Лучше всего сообщить суду о том, что в иска одни и те же требования, одни и те же истцы и ответчики. Что бы по одному из исков было прекращено производство.

В принципе это можно сделать так же непосредственно в самом судебном заседании.

Здравствуйте, Анатолий. В вашем случае рассмотрению будет подлежать дело, зарегистрированное, как первым поступившие в суд. Дело по второму аналогичному вашему заявлению будет подлежать оставлению без рассмотрения, согласно 

ГПК РФ Статья 222. Основания для оставления заявления без рассмотрения, их которой следует, что 

Суд оставляет заявление без рассмотрения в случае, если:

в производстве этого или другого суда, арбитражного суда имеется возбужденное ранее дело по спору между теми же сторонами, о том же предмете и по тем же основаниям;