Здравствуйте, в 9 этажном доме протекает крыша, но ситуация следующая: у моей мамы задолженность по квартплате, имеет ли право УК отказать в ремонте кровли на основании долга за квартиру?

НЕт не имеет, поскольку крыша (кровля на ней) это общее имущество МКД. В случае если данную крышу не отремонтировать то пострадают и другие жильцы. ПОэтому Вы вправе обратиться с жалобой, например в Роспортребнадзор, прокуратуру, жил.инспекцию, об обязании УК провести ремонт.