Здравствувйте.
В соответствии со статьёй 41 Налогового кодекса РФ доходом признается экономическая выгода в денежной или натуральной форме, учитываемая в случае возможности ее оценки и в той мере, в которой такую выгоду можно оценить.
Операция по внесению дополнительного вклада в уставный капитал общества физическим лицом, посредством зачета его денежных требований к обществу не приводит к образованию экономической выгоды у учредителя и, соответственно, не рассматривается для целей определения НДФЛ в качестве дохода, учитываемого при формировании налоговой базы. ( также смотрите письма Минфина России от 22.08.2008 N 03-04-05-01/313, от 16.04.2007 N 03-04-06-01/121)
Соответственно, до принятия решения об увеличении уставного капитала общества зачётом требований, обществу и участнику необходимо подписать акт сверки взаимных расчетов по договору займа, и потом принимается решение об увеличении уставного капитала. Внесение же дополнительного вклада подтверждается заключением соглашения о зачете встречных требований, копия которого прикладывается к комплекту документов на регистрацию изменений в устав.
Выше прямо указан ответ — исчислить не должны — и обоснование. Исчислить не должны, равно как и удержать налог откуда бы то ни было. Ознакомьтесь, пожалуйста, более внимательно с ответом на Ваш вопрос и обоснованием, в том числе с полным текстом письма налогового органа по ссылке.