У меня двое детей, оба записаны на одного человека, но он является настоящим отцом только одного ребенка, могу ли я подать на алименты на одного ребенка?

Добрый день, Анна. До поры пока отцовство в отношении второго ребенка не оспорено в суде Вы вправе заявить требование о взыскании алиментного содержания на обоих детей. 

ст. 80 СК РФ: 

Родители обязаны содержать своих несовершеннолетних детей. Порядок и форма предоставления содержания несовершеннолетним детям определяются родителями самостоятельно.В случае, если родители не предоставляют содержание своим несовершеннолетним детям, средства на содержание несовершеннолетних детей (алименты) взыскиваются с родителей в судебном порядке.