После увольнения уголовное дело подлежит прекращению?

Здравствуйте.

Нет не подлежит. Факт преступления, если он был, остаётся.

Основания для прекращения уголовного преследования предусмотрены ст. 27 УПК РФ:

1. Уголовное преследование в отношении подозреваемого или обвиняемого прекращается по следующим основаниям:
1) непричастность подозреваемого или обвиняемого к совершению преступления;
2) прекращение уголовного дела по основаниям, предусмотренным пунктами 1 - 6 части первой статьи 24 настоящего Кодекса;
3) вследствие акта об амнистии;
4) наличие в отношении подозреваемого или обвиняемого вступившего в законную силу приговора по тому же обвинению либо определения суда или постановления судьи о прекращении уголовного дела по тому же обвинению;
5) наличие в отношении подозреваемого или обвиняемого неотмененного постановления органа дознания, следователя или прокурора о прекращении уголовного дела по тому же обвинению либо об отказе в возбуждении уголовного дела;

6) отказ Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации в даче согласия на лишение неприкосновенности Президента Российской Федерации, прекратившего исполнение своих полномочий, и (или) отказ Совета Федерации в лишении неприкосновенности данного лица.
КонсультантПлюс: примечание.