Здравствуйтеесли признать отцовство по согласию обоих сторон, то как будут рассчитывать алименты, от самого рождения ребёнка?

Нет, не с рождения ребенка. 

Если в судебном порядке, то с даты обращения в суд с заявлением о выдаче судебного приказа о взыскании алиментов, либо с даты обращения в суд с иском о взыскании алиментов (если алименты взыскиваются в твердой сумме или если ответчик уже уплачивает алименты на содержание несовершеннолетнего).

Если будет нотариальное соглашение об уплате алиментов, то здесь вы сами индивидуально определяете условия выплаты, ничего не мешает установить выплату алиментов с момента рождения ребенка, другой вопрос согласится ли на это отец ребенка. Но как правило, при наличии соглашения, алиментные обязательства наступают с момента подписания соглашения об уплате алиментов.