В проекте цена контракта была с НДС, участник не обратил внимание на это и подписал контракт

Здравствуйте, Валерия.

Вы можете подписать контракт даже с НДС. При этом вносить изменения в него не нужно. Оснований для этого в ст. 95 закона 44-ФЗ не предусмотрено.

При этом участнику Вы можете оплатить полную стоимость контракта, если он исполнит свои обязательства по нему. По этому поводу есть сложившаяся судебная практика.

Если победитель не будет выставлять Вам счета-фактуры с выделенным НДС, то обязанности по уплате НДС в бюджет у него не возникнет. Даже несмотря на то, что в цене контракта НДС выделен. Это уже разъясняла налоговая служба.

определении ВС РФ от 30 мая 2019 г. N 305-ЭС19-391

указание предприятием в проекте контракта цены, включающей налог на добавленную стоимость, также не свидетельствует о нарушении прав участника закупки, поскольку не возлагает на участника закупки, применяющего упрощенную систему налогообложения, безусловной обязанности по исчислению и уплате налога на добавленную стоимость. В силу пункта 5 статьи 173 Налогового кодекса и правовой позиции, выраженной в постановлении Конституционного Суда Российской Федерации от 03.06.2014 N 17-П, такого рода обязанность может возникнуть лишь при выставлении налогоплательщиком по своей инициативе счета-фактуры с выделенной в нем суммой налога