Добрый день.
Зависит от вида процедуры. Если вы подписали контракт в электронном виде, то что есть на ЭТП, так и останется. Переподписать, т.е. заменить один документ на другой вы физически не сможете.
Вы можете внести изменения на основании ст. 95 44-ФЗ.
При подписании контракта заказчик в карточке контракта в ЕИС укажет первоначальную редакцию (возможно уже это сделал), так и обновленную редакцию контракта, либо только допсоглашение в котором будет указано основание: исправление технической (расчетной) ошибки в приложении №__ к контракту (смета).
У нас была ситуация подобная вашей, только обратная, мы без НДС а в смете был выделен НДС. Никаких изменений не вносили. Единственное, что по итогам сдачи работ все документы, в том числе итоговая смета была составлена без НДС и принята заказчиком.
Удачи вам в закрытии контракта.