Если не имеет, то на какие документы ссылаться, чтобы их обязать?

Здравствуйте Кира.

Действительно, в соответствии  с положениями  Федерального закона «О национальной платежной системе» от 27.06.2011 N 161-ФЗ Статья 30.5. Участники НСПК следует что:

5. Кредитные организации при осуществлении операций с предусмотренными частями 5.5 … настоящей статьи выплатами за счет средств бюджетов бюджетной системы Российской Федерации (далее — выплаты) обязаны..:
2) зачислять выплаты на банковские счета клиентов — физических лиц, операции по которым осуществляются с использованием национальных платежных инструментов.
5.5. Обязанности кредитных организаций, установленные частями 5 … настоящей статьи, возникают при осуществлении операций со следующими выплатами:
3) государственные стипендии;
http://www.consultant.ru/docum...

Т.е. из положений приведенного выше федерального закона «О национальной платежной системе» от 27.06.2011 N 161-ФЗ следует что организациями выплачивающими  государственные стипендии из средств бюджета Российской Федерации, национальная платежная система «Мир» используется  в обязательном порядке. так как они вошли в  число участников национальной платежной системы. Соответственно зачисление таких выплат производится исходя из положений федерального закона приведенных выше,  на банковские счета клиентов физических по которым операции  осуществляются именно с использованием национальных платежных инструментов, т.е. попросту говоря карту «МИР».