В этом году начал строить дом и завел воду в дом от своего колодца где установлен счетчик

По все видимости Вам вменяют не административный штраф, а доначисление платы за воду, по методу пропускной способности потребленной воды в соответствии с п. 62 Постановления Правительства РФ от 06.05.2011 N 354

62. При обнаружении осуществленного с нарушением установленного порядка подключения (далее — несанкционированное подключение) внутриквартирного оборудования потребителя к внутридомовым инженерным системам исполнитель обязан составить акт о выявлении несанкционированного подключения в порядке, установленном настоящими Правилами.
Доначисление размера платы в этом случае должно быть произведено исходя из объемов коммунального ресурса, рассчитанных как произведение мощности несанкционированно подключенного оборудования (для водоснабжения и водоотведения — по пропускной способности трубы) и его круглосуточной работы за период начиная с даты осуществления несанкционированного подключения, указанной в акте о выявлении несанкционированного подключения, составленном исполнителем с привлечением соответствующей ресурсоснабжающей организации, а в случае невозможности установления даты осуществления несанкционированного подключения — с даты проведения исполнителем предыдущей проверки, но не более чем за 3 месяца, предшествующие месяцу, в котором выявлено такое подключение, до даты устранения исполнителем такого несанкционированного подключения. В случае невозможности определить мощность несанкционированно подключенного оборудования доначисление размера платы осуществляется исходя из объема, определенного на основании норматива потребления соответствующих коммунальных услуг с применением к такому объему повышающего коэффициента 10. При этом в случае отсутствия постоянно и временно проживающих в жилом помещении граждан объем коммунальных услуг в указанных случаях рассчитывается с учетом количества собственников такого помещения.

https://base.garant.ru/12186043/

И сейчас они требуют 65000р за самовольное подключение и заключение с ними досудебного соглашения. На сколько это правомерно? Ведь счетчик установлен и я плачу по нему.

На Вашем колодце стоит прибор учета. Предлагаю Вам обжаловать начисленную Вам плату за неучтенное потребление воды, так как в данной ситуации имеется злоупотребление правом со стороны водоканала, поскольку исходя из смысла п. 62 Постановления Правительства РФ от 06.05.2011 N 354

доначисление размера платы происходит в случае невозможности определить мощность несанкционированно подключенного оборудования.

 
В случае судебного разбирательства по данному вопросу Вы вправе оформить встречное исковое заявление с требованием снизить размер выплат или же отменить наказание полностью. 

Желаю удачи.