Кто имеет право его контролировать?

Гульнара, добрый день!

Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 31.07.2020) «Об образовании в Российской Федерации» (с изм. и доп., вступ. в силу с 01.09.2020)

Статья 32. Индивидуальные предприниматели, осуществляющие образовательную деятельность

2. Уполномоченный федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц и индивидуальных предпринимателей (его территориальный орган), в порядке и в сроки, которые установлены законодательством о государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, уведомляет орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющий переданные ему полномочия Российской Федерации в сфере образования, о государственной регистрации индивидуального предпринимателя, видом экономической деятельности которого является образовательная деятельность.

Тем самым, если идет речь о контрольном органе — это Мин. образования субъекта, так как ИП в сфере образования получает лицензию на осуществление деятельности в данной сфере. 

Подчеркну, ИП не подчиняется определенному органу, они следуют исходя из НПА установленным государственным органом. 

т.е. ИП можно привлечь к ответственности в случае нарушения действующего законодательства.