Как это отразить в учете правильно?

Совсем необязательно отрицательно оценивать ответ, если Вы хотите чтобы я дал дополнительные разъяснения и Вы может быть что-то пояснили еще.

 Еще раз обращаю Ваше внимание. Директор либо выполнял служебное задание, и тогда исключительное право автоматически передается ООО если иное не установлено соглашением между директором и ООО, либо действовал по собственной инициативе, и тогда для того, чтобы программа встала на учет в ООО необходим договор о передаче исключительных прав (или лицензионный договор). Иным образом программа может попасть в учет ООО только если директор, он же учредитель внес программу в УК ООО. 

При этом программное обеспечение (ПО) в целях бухгалтерского учета признается нематериальным активом (НМА) только в том случае, если предприятие получает исключительные права на него (п.п. 3, 4 ПБУ 14/2007 «Учет нематериальных активов», далее - ПБУ 14/2007). Приобретенные по лицензионному договору неисключительные права на использование результата интеллектуальной деятельности объектами НМА не признаются, то есть затраты на приобретение неисключительных прав подлежат включению в состав расходов на производство. Но Вы не отвечаете на уточняющие вопросы, уже оценив мой ответ отрицательно. Из этого я не могу сделать никаких выводов, которые бы хоть как-то прояснили ситуацию с ПО и тем, в каком виде и на каком основании ООО владеет этим ПО (если владеет им вообще). 

Что касается договора с директором и порядка начисления ему зарплаты, отправки его в неоплачиваемый отпуск это вопросы, которые находятся за рамками первоначально заданного и оплаченного. Мы рассматриваем взаимоотношения между директором и ООО контексте созданных им объектов интеллектуальной собственности и передачи их в ООО. 

Спасибо большое за ответ! Извините, никоим образом не хотела вас обидеть, ответ  ваш положительный и полезный! Что-то отметила неправильно, извините еще раз! 

Уточняю: три программы были созданы директором (он один пока учредитель и работник, больше никого), оформлены свидетельствами на ООО, это не НМА, так как создавались для продажи. Т.е. являются объектами интеллектуальной собственности ООО. Значит, для того, чтобы мне поставить их на учет, необходим оценщик? Лицензированный? Мне необходимо понять, как ООО сможет их оценить, поставить на учет и продать.

Да, не обратил внимания, что программы предназначены для продажи. При этом как нематериальный актив Вы все-таки можете их учесть 

если организацией не предполагается продажа объекта в течение 12 месяцев или обычного операционного цикла, если он превышает 12 месяцев;

Но если планируете продать раньше этого срока, то, думаю, подходит ПБУ 5/01 «Учет материально-производственных запасов»:

2. Для целей настоящего Положения к бухгалтерскому учету в качестве материально-производственных запасов принимаются активы:

предназначенные для продажи;

Но правила для их оценки, по сути, те же:

9. Фактическая себестоимость материально-производственных запасов, полученных организацией по договору дарения или безвозмездно, а также остающихся от выбытия основных средств и другого имущества, определяется исходя из их текущей рыночной стоимости на дату принятия к бухгалтерскому учету.
Для целей настоящего Положения под текущей рыночной стоимостью понимается сумма денежных средств, которая может быть получена в результате продажи указанных активов.

Доброе утро! Спасибо за ответ! 

Программные продукты создавались на продажу, которая планируется в течении 3-4 месяцев. поэтому в качестве НМА я их не рассматривала. Директор создавал программы как сотрудник ООО. Чтобы поставить их на учет, необходимо пригласить лицензируемого оценщика и оценить их по рыночной стоимости? и эту  сумму я должна поставить на какой счет? что-то не складывается у меня. Ведь вначале их надо поставить по себестоимости, а потом продавать по рыночной цене, или нет?

Доброе утро! Спасибо за ответ!

Все, что касается, начисления зарплаты и налогов, мне понятно. Но ведь пока на счету ООО нет средств, кроме б/п займа директора (мы его оформили сразу же). Его хватило только на госпошлины за свидетельства на программы и обслуживание банковского счета. Можем ли мы отправить директора в отпуск без содержания сразу же, как только с ним заключен ТД? До появления прибыли.

    ТК РФ Статья 128. Отпуск без сохранения заработной платы

По семейным обстоятельствам и другим уважительным причинам работнику по его письменному заявлению может быть предоставлен отпуск без сохранения заработной платы, продолжительность которого определяется по соглашению между работником и работодателем.

   Исходя из положений действующего законодательства работнику может быть предоставлен отпуск без сохранения заработной платы в любой период, в том числе с даты заключённого договора.