Какие документы мы должны запросить у конечного клиента (например если это производство)?

Здравствуйте, Евгений! 

Фармацевтическая лицензия выдается для выполнения работ и оказания услуг, указанных в перечнях к  Постановлению Правительства РФ от 22.12.2011 N 1081 «О лицензировании фармацевтической деятельности». Перечни  допускают оптовую торговлю, но только лекарственными препаратами для медицинского либо ветеринарного применений.  

Оборот же  этилового спирта регулируется,   Федеральным  законом  от 22.11.1995 N 171-ФЗ ,  фармацевтическая лицензия к которому никакого отношения не имеет. 

Вы собираетесь закупать и продавать спирт этиловый. Согласно ФЗ№171

4. Поставки этилового спирта осуществляются только организациями, которые имеютлицензии на производство, хранение и поставки произведенного этилового спирта, в том числе денатурата.
статья 9

Продать его конечному клиенту, производителю лекарственных средств? 

Для поставки спирта этилового, Вашей организацией  потребуется    лицензии  на производство, хранение и поставку этилового спирта.

2. Какие документы мы должны запросить у конечного клиента (например если это производство, завод)?

Конечный клиент при использования спирта для производства  лекарственных средств в силу того, что лицензированию не подлежит 

закупки этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции в целях использования их в качестве сырья или вспомогательного материала при производстве алкогольной, спиртосодержащей и иной продукции либо в технических или иных не связанных с производством указанной продукции целях;

То-есть конечному клиенту в случае использования спирта для производства лекарств лицензия не нужна, но при закупке в объеме превышающем 200 декалитров в год, потребуется уведомление.

Закупка этилового спирта, за исключением закупки фармацевтической субстанции спирта этилового (этанола), в объеме, превышающем 200 декалитров в год, в целях производства алкогольной и спиртосодержащей продукции и (или) использования для собственных нужд осуществляется при условии представления уведомления.