Если в течение 90 дней подарить свою долю, нужно ли будет платить налог с продажи, или тогда проданная квартира будет расцениваться как единственное жилье?

Добрый день. Доля в квартире была приобретена по приватизации в 2003 году

Добрый день, Игорь. 

Согласно п. 2 ст. 217.1 НК РФ если иное не установлено настоящей статьей, доходы, получаемые налогоплательщиком от продажи объекта недвижимого имущества, освобождаются от налогообложения при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.
В соответствии с пп. 4 п.3 ст. 217.1 НК РФ в целях настоящей статьи минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет три года для объектов недвижимого имущества, в отношении которых соблюдается хотя бы одно из следующих условий:
4) в собственности налогоплательщика (включая совместную собственность супругов) на дату государственной регистрации перехода права собственности от налогоплательщика к покупателю на проданный объект недвижимого имущества в виде комнаты, квартиры, жилого дома, части квартиры, части жилого дома (далее в настоящем подпункте — жилое помещение) или доли в праве собственности на жилое помещениене находится иного жилого помещения (доли в праве собственности на жилое помещение).
При этом в целях настоящего подпункта не учитывается жилое помещение (доля в праве собственности на жилое помещение), приобретенное (приобретенная) в собственность налогоплательщика и (или) его супруга (супруги) в течение 90 календарных дней до даты государственной регистрации перехода права собственности на проданное жилое помещение (проданную долю в праве собственности на жилое помещение) от налогоплательщика к покупателю.

В остальных случаях минимальный срок владения составляет 5 лет.  
Поскольку на дату государственной регистрации доля в квартире находилась в собственности более 90 календарных дней, Вам необходимо уплатить налог с дохода, полученного от продажи квартиры.