Здравствуйте, Светлана!
Независимо от того, что в договоре прописан такой размер неустойки за нарушение подрядчиком своих обязательств, применяться будет размер неустойки, который установлен именно на основании ч. 5 ст. 28 Закона РФ «О защите прав потребителей»
В случае нарушения установленных сроков выполнения работы (оказания услуги) или назначенных потребителем на основании пункта 1 настоящей статьи новых сроков исполнитель уплачивает потребителю за каждый день (час, если срок определен в часах) просрочки неустойку (пеню) в размере трех процентов цены выполнения работы (оказания услуги)
Соответственно, при нарушении подрядчиком срока выполнения работ Вы сможете потребовать неустойку в размере 3 процентов за каждый день просрочки.