Добрый день.
Если у Вас именно магазин, то при заполнении заявления Вы выбираете «розничная торговля, осуществляемая через объекты стационарной торговой сети с площадью торгового зала не более 50 квадратных метров по каждому объекту организации торговли»; затем, в поле «Признак объекта (кв. м)» заполняете "2 — площадь объекта стационарной торговой сети, имеющего торговый зал (магазина, павильона);", т.е. общую площадь Вашего магазина.
Но, это общая рекомендация. В идеале, для наибольшей точности нужно смотреть Ваше региональное законодательство, т.к. федерально законодательство периодически ссылается на региональное в части патентов (а оно часто, но не всегда дублирует федеральное). Так что, лучше всего, Вам просто позвонить в Вашу ФНС и проконсультироваться там (либо внимательно изучить законодательство своего региона в части патентов).