Здравствуйте Наталия,
Пеня рассматривается как один из видов неустойки в гражданских правоотношениях. В плоскости финансовых правоотношений пеня нужна для принуждения к исполнению в обозначенный срок финансовой обязанности. Пеня составляет определенный процент от суммы просроченного обязательства. Пеня насчитывается за каждый день просрочки, во время какого-то конкретного периода. После окончания этого периода взыскивается разовый штраф.
Пеня также выступает в качестве меры ответственности в случае, если произошло нарушение договорных обязательств. Договором может быть предусмотрена такая ответственности в виде пени — определенной денежной суммы, которую должник должен заплатить кредитору если не были исполнены обязательства или был просрочен срок их исполнения.
Необходимо смотреть договор, что указано в нем по поводу начисления пени. А касаемо вашего вопроса правомерно ли назначение, вполне. Однако вы имеет основания перерасчитать сумму за последние три года.