Артем, доброе время суток!
Предлагаю обратиться в бухгалтерию и попросить Акт сверки задолженности между учебным заведение и Вами (или кто за Вас оплачивал обучение в 1 семестре). Из данного акта Вы увидите кода у Вас происходила оплата, когда образовалась задолженность и начислили Вам пени.
Также рекомендую Вам ознакомиться с договором на обучение- нужно понять порядок оплаты, если оплата происходит в установленные сроки — это одно, а если на сновании выставленного счета, то тут можно поспорить, т.к. Вам счет не выставлялся и т.д. Все зависит от условий договора.
PS не забываем про благодарности.
С уважением, Виталий.