Как зарегистрировать новый построенный дом на участке?

По отчуждению Вами земельных участков, находящихся в Вашей собственности законодательство запрета не содержит.

К земельным участкам изъятым из оборота или ограниченных в обороте (статья 27 Земельного кодекса) земельные участки, находящиеся в частной собственности, не относятся.

Согласно пункта 11 Положения  об установлении запретных и иных зон с особыми условиями использования земель для обеспечения функционирования военных объектов Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов, выполняющих задачи в области обороны страны
(утв. постановлением Правительства РФ от 5 мая 2014 г. N 405) строительство новых объектов капитального строительства, к которым относится и садовый дом допускается по согласованию с Минобороны.

11. На территории зоны охраняемого военного объекта строительство объектов капитального строительства, ввод в эксплуатацию оборудования, создающего искусственные, в том числе индустриальные, радиопомехи, а также размещение и эксплуатация стационарного или переносного приемо-передающего оборудования с мощностью передатчиков более 5 Вт осуществляются исключительно по согласованию с федеральным органом исполнительной власти (федеральным государственным органом), в ведении которого находится военный объект. При этом параметры электромагнитной совместимости оборудования, создающего радиопомехи военному объекту, определяются по внешней границе зоны охраняемого военного объекта.

Хотя возможно и без согласования по дачной амнистии получится зарегистрировать, как я указал изначально.

ст 23 217-ФЗ от 29.07.2017 года 

Садовые земельные участки и огородные земельные участки могут быть образованы из земель населенных пунктов или земель сельскохозяйственного назначения.

п 24 ст 54 217-ФЗ 

Изменение вида разрешенного использования отдельных садовых или огородных земельных участков, образованных из земельного участка, предоставленного созданному до дня вступления в силу настоящего Федерального закона садоводческому или огородническому некоммерческому объединению граждан (за исключением случаев, если такое некоммерческое объединение ликвидировано или исключено из единого государственного реестра юридических лиц как недействующее), не допускается.

То есть часть участков, если хотят выделиться и изменить ври вряд ли это получится. Если только проектом планировки территории и то надо прорабатывать этот вопрос, а смена ври только после отделения от основного снт + изменения категории земли, потому что повторюсь на с/х землях ИЖС не бывает. 

В соответствии с ч. 1 ст. 8 Федерального закона № 172-ФЗ «О переводе земель или земельных участков из одной категории в другую» установление или изменение границ населенных пунктов, а также включение земельных участков в границы населенных пунктов является переводом земельных участков из других категорий в земли населенных пунктов.
В соответствии со ст. 84 ЗК РФ установлением или изменением границ населенных пунктов является утверждение или изменение документов территориального планирования.

То есть перевод сопряжен с мероприятиями по изменению ген плана, ПЗЗ и т.д. Просто чтобы вы знали масштабы. То есть вы можете пробовать подавать заявление и уже ждать ответа, но пока у вас всего часть СНТ этого хотят, данный пункт под вопросом. 

ст 4.1 217-ФЗ 

Включение в границы населенного пункта территорий садоводства или огородничества, находящихся за пределами границ населенного пункта, осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации. Требования, при соблюдении которых территории садоводства или огородничества могут быть включены в границы населенного пункта либо в границах территории садоводства может быть образован новый населенный пункт, устанавливаются субъектами Российской Федерации.

как в будущем сменить собственников нашего участка\дома, если есть такие запреты на регистрацию?

как зарегистрировать новый построенный дом на участке?

Вообще если есть ЗОУИТ (ст 105 ЗК РФ) или другими словами охранная зона, то изменение ВРИ на ИЖС мало что решит для разрешения строительства жилого дома. Вы и сейчас можете на участке для ведения садоводства возводить жилой дом, регистрироваться в нем и т.д. (ст 3 217-ФЗ). Если есть ограничения по строительству, наложенные охранной зоной, то дело именно в них, а не в видах использования земли, в категории и т.д. То есть если вам именно нужно просто зарегистрироваться в жилом доме, то не стоит заморачиваться на счет смены категории, проекта планировки территории, присоединия к населенному пункту и т.д. Еще раз повторюсь на садовом участке с категорией земли с/х можно строить жилой дом, регистрироваться по месту жительства в нем и проживать. За исключением, если на этой земле есть какая-то охранная зона, запрещающая это делать .

В соответствии с постановлением Правительства РФ № 405 от 2014 года устанавливаются не только запретные зоны, но и зоны с особыми условиями использования земель. Вы говорите, что ваше СНТ попадает в «охранную зону военного объекта»

территория, в границах которой принимаются особые меры по обеспечению безопасного функционирования и защите военного объекта, включающие меры по обеспечению безопасного хранения вооружения, военной техники, ракет и боеприпасов, а также иного имущества военного назначения при возникновении чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера или совершении террористического акта;

По описанию в этой зоне кап строительство не запрещено, вот в «специально зоне» — да. Поэтому уточните для себя в какой точно зоне находится СНТ, какие именно ограничения на использование наложены. Подавали ли вы при  начале строительства уведомление на основании ст 51.1 ГРК РФ в администрацию, может быть они бы вам дали разъяснения по зонам. Ну или может быть разрешение на строительство военными выдается. Вы к ним обращались? 

На территории охранной зоны военного объекта без специального разрешения федерального органа исполнительной власти (федерального государственного органа), в ведении которого находится военный объект, запрещается:

а) проживание и (или) нахождение физических лиц;

б) осуществление хозяйственной и иной деятельности в соответствии с настоящим Положением;

в) размещение объектов производственного, социально-бытового и иного назначения, устройство туристических лагерей и зон отдыха, размещение и оборудование стоянок автотранспорта, разведение открытого огня (костров), стрельба из любых видов оружия, использование взрывных устройств и пиротехнических средств, проведение земляных, строительных, мелиоративных, хозяйственных и иных работ, за исключением противопожарных и других мероприятий по обеспечению безопасности военного объекта, в том числе фитосанитарных мероприятий, любыми лицами, за исключением лиц, обеспечивающих функционирование военного объекта или использующих его.

2. Если нет, то: как в будущем сменить собственников нашего участка\дома, если есть такие запреты на регистрацию? 

Запрет на продажу земельных участков и объектов на них, если они уже зарегистрированы, не установлен, но будущий покупатель может обратить внимание на ограничение использования и либо отказаться от покупки либо попросить уменьшение цены. 

как зарегистрировать новый построенный дом на участке?

 Если регистрации права на дом нет, то можно попробовать осуществить регистрацию по дачной амнистии, однако, Росреестр может обратить внимание на то, что размещение объектов капитального строительства возможно только по согласованию с Минобороны РФ или его территориальными подразделениями, в едении которых находится военный объект и потребовать такое согласие.

В данном случае придется обращаться в уполномоченный орган. а в случае, если он откажет в таком согласовании подавать заявление в суд.

Действительно садовый дом можно признать жилым и осущесвтить там регсирацию по месту жительства.

В соответствии с пунктом 55 Положения о признании помещения жилым помещением, жилого помещения непригодным для проживания, многоквартирного дома аварийным и подлежащим сносу или реконструкции, садового дома жилым домом и жилого дома садовым домом, утвержденным постановлением Правительства РФ от 28.01.2006 N 47:

55. Садовый дом признается жилым домом и жилой дом — садовым домом на основании решения органа местного самоуправления муниципального образования, в границах которого расположен садовый дом или жилой дом

(полный порядок признания)

Для этого заявитель направляет в орган местного самоуправления либо через МФЦ заявление о признании садового дома жилым домом, прикладывая к нему выписку из ЕГРН на дом (но это не обязательно), заключение по обследованию технического состояния объекта, подтверждающее соответствие садового дома требованиям к надежности и безопасности, и,  если садом обременен правами третьих лиц, -  их нотариально удостоверенное согласие на признание садового дома жилым.

Решение о признании садового дома жилым либо об отказе в таком признании принимается  органом местного самоуправления не позднее чем через 45 календарных дней со дня подачи заявления.