Указывать ли в договоре дарения зарегистрированного гражданина, но не собственника?

Здравствуйте Влад! Можете ничего не указывать  — это не обязательно. В данном случае  проживание   в квартире происходит по воле собственника, то есть Вас. 

ЖК РФ ст. 30 

2. Собственник жилого помещения вправе предоставить во владение и (или) в пользование принадлежащее ему на праве собственности жилое помещение гражданину на основании договора найма, договора безвозмездного пользования или на ином законном основании, а также юридическому лицу на основании договора аренды или на ином законном основании с учетом требований, установленных гражданским законодательством, настоящим Кодексом.

Если требование о проживании тети имеется, можете с ней заключить договор найма. 

В этой ситуации важным обстоятельством будет выяснить, на каком основании бабушка стала собственницей квартиры, которую она собирается подарить внуку, а также каким образом в квартиру была вселена и зарегистрирована ее недееспособная сестра. Если право собственности возникло в порядке приватизации, а сестра была зарегистрирована в квартире на момент приватизации и отказалась от участия в ней, то она имеет право пожизненного пользования данной квартирой независимо от перехода права собственности на квартиру к другим лицам.

Если Стороны договора дарения квартиры не планируют предоставлять возможность зарегистрированной в квартире на момент совершения сделки дарения сестре дарителя предоставлять право пожизненного пользования квартирой, либо заключать договор безвозмездного пользования на иной срок, в договоре дарения достаточно указать, кто зарегистрирован в квартире на дату совершения договора.