Поступил я на службу уже во время учёбы, то есть после 1-го курса магистратуры?

Главное, чтобы это образование было первое. Тогда обязаны отпустить в данный отпуск. Если это второе образование, то могут и не отпустить. 

Дело в том, что правовое регулирование Вашего вопроса зависит от Вашего статуса. 

Так если Вы являетесь военнослужащим войск национальной гвардии (Росгвардии), то в отношении Вас применима ст. 19 ФЗ «О статусе военнослужащих», согласно которой

2. Офицеры, проходящие военную службу по контракту, имеют право в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации, на обучение в гражданских профессиональных образовательных организациях или гражданских образовательных организациях высшего образования и на подготовительных отделениях таких образовательных организаций высшего образования с освоением образовательных программ по очно-заочной или заочной форме обучения.
Военнослужащие, проходящие военную службу по контракту (за исключением офицеров), если непрерывная продолжительность военной службы по контракту составляет не менее трех лет, имеют право в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации, на обучение по имеющим государственную аккредитацию образовательным программам среднего профессионального образования и высшего образования, а также на подготовительных отделениях федеральных государственных образовательных организаций высшего образования за счет средств федерального бюджета с освоением образовательных программ по очно-заочной или заочной форме обучения.

И для последующего определения Ваших прав нужно понимать какое у Вас звание.

Если Вы сотрудник Росгвардии, имеющий специальное звание сотрудника полиции, то применяется ст. 63 ФЗ  от 30.11.2011 N 342-ФЗ «О службе в органах внутренних дел Российской Федерации и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации»

3. Сотрудникам органов внутренних дел предоставляются отпуска по уходу за ребенком, творческие отпуска, отпуска предоставляемые в соответствии с трудовым законодательством работникам, совмещающим работу с получением образования, а также иные отпуска, установленные законодательством Российской Федерации.

В этом случае, предоставление отпуска поставлено в зависимость от того получаете ли Вы образование соответствующего уровня впервые или нет.

В силу ст. 10 ФЗ «Об образовании в РФ» сейчас установлены следующие уровни образования:

1) среднее профессиональное образование;
2) высшее образование — бакалавриат;
3) высшее образование — специалитет, магистратура;
4) высшее образование — подготовка кадров высшей квалификации.

 К освоению программ магистратуры допускаются лица, имеющие высшее образование любого уровня.

В этой связи нужно понимать по какой программе до поступления в магистратуру ранее Вы получили высшее образование: бакалавриата или специалитета?

Поскольку в силу ст. 69 ФЗ «Об образовании в РФ»

8. Обучение по следующим образовательным программам высшего образования является получением второго или последующего высшего образования:
2) по программам магистратуры — лицами, имеющими диплом специалиста или диплом магистра;

С учетом сказанного чтобы до конца разобраться в Вашей ситуации нужны уточнения по следующим моментам:

— в каком статусе Вы проходите службу: военнослужащего или сотрудника полиции?

— какое у Вас воинское звание?

— какое образование (какой диплом) Вы получили до поступление в магистратуру: бакалавра или специалиста?