Добрый день я составляю договор для немецкой клиники которая

Добрый день, Николай! Рекомендую указать на  законодательство Российской Федерации, поскольку Подрядчик выполняющий работы, исходя из информации представленной в Вашем вопросе, имеет гражданство Российской Федерации, кроме того является самозанятым и уплачивает налоги, являясь резидентом в соответствии с положениями налогового законодательства Российской Федерации.
Очевидно, что в случае возникновения споров между Вами и контрагентом, целесообразно указать, что все споры разрешаются в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации. В противном случае, Вы будете обязаны в рамках соответствующего пункта договора применять законодательство Германии,  при возникновении споров и в претензионной работе. Это приведет к серьезным издержкам, к сложностям связанным с привлечением юриста специализирующимся в сфере законодательства ФРГ.