Добрый день, Павел.
Возникает вопрос: на каком основании в МФЦ требуют разрешение отца на временную регистрацию несовершеннолетних детей? Он собственник помещения, где регистрируются дети или проживает в этом же помещении?
Регистрация по месту пребывания несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста, осуществляется на основании заявления установленной формы о регистрации по месту пребывания, документов, удостоверяющих личность находящихся вместе с ними законных представителей (родителей, усыновителей, опекунов) или близких родственников, а также свидетельства о рождении этих несовершеннолетних граждан с выдачей свидетельства о регистрации по месту пребывания.
Достаточно заявления одного родителя и его паспорта.
В этом случае вам необходимо зарегистрировать маму по месту временного пребывания и с этим документом обращаться в образовательные учреждения. По поводу регистрации детей сначала необходимо будет в судебном порядке лишить родительских прав отца, иначе периодически будут возникать вопросы, связанные с его участием. Детей до 14 лет, действительно, могут зарегистрировать с ведома двух родителей.