Истец выиграв дело направил исполнительный лист в казначейство, однако ответчик(бюджетное учреждение) уже оплатил задолженность когда исполнительный лист поступил казначейство

Денис!

Полагаю, что ответчик должен уведомить о факте оплаты задолженности и казначейство, и должника. Правом отзыва исполнительного документа по нормам Арбитражного процессуального Кодекса РФ и Бюджетного Кодекса РФ ответчик не обладает, но уведомить о фактическом погашении задолженности для того, чтобы заново не списали долг, обязан.

Если Вам необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные.
Всего доброго!

Здравствуйте, Денис. Во избежание двойной оплаты долга, должник может уведомить казначейство и взыскателя о том, что долг по решению суда перечислен и приложить подтверждающие тому документы к письму.

Куда писать ответчикудля отзыва исполнительного листа из казначейства во избежании двойной оплаты?

Должник не обладает правом отзыва ИЛ, такое право есть у взыскателя.

При неисполнении должником исполнительного документа в течение трех месяцев со дня его поступления в орган Федерального казначейства взыскатель вправе отозвать исполнительный документ из органа Федерального казначейства и ...https://mo.roskazna.gov.ru/pri...

 Если у  вас остались невыясненными вопросы, либо вы желаете получить по ним разъяснения, или вас интересует иной вопрос,  либо вы намерены заказать составление какого-либо документа,  вы можете обратиться ко мне  в чат за получением ответов на ваши вопросы, либо за составлением документов. Вам нужно перейти на мою страницу  по ссылке  https://pravoved.ru/lawyer/188...  И нажать «Общаться в чате».  По правилам сайта услуги в чате оказываются как на.платной, так и на бесплатной основе