И почему два раза платить за одно и тоже помещение?

Уважаемая Марина! Доброго! В силу п. 2 ст.346.18 НК РФ

В случае, если объектом налогообложения являются доходы организации или индивидуального предпринимателя, уменьшенные на величину расходов, налоговой базой признается денежное выражение доходов, уменьшенных на величину расходов.
Если по итогам отчетного (налогового) периода сумма расходов превышает сумму доходов, то применительно к этому отчетному (налоговому) периоду налоговая база принимается равной нулю.

Порядок определения доходов регламентирован ст.346.15 НК РФ, расходов — ст.346.16 НК РФ.

При этом в силу п.п.1 п.1 ст.346.16 НК РФ

При определении объекта налогообложения налогоплательщик уменьшает полученные доходы на следующие расходы:
расходы на приобретение, сооружение и изготовление основных средств, а также на достройку, дооборудование, реконструкцию, модернизацию и техническое перевооружение основных средств (с учетом положений пунктов 3 и 4 настоящей статьи)

При этом же (п.п.10 п.1 ст.346.16 НК РФ):

При определении объекта налогообложения налогоплательщик уменьшает полученные доходы расходы на обеспечение пожарной безопасности налогоплательщика в соответствии с законодательством Российской Федерации, расходы на услуги по охране имущества, обслуживанию охранно-пожарной сигнализации, расходы на приобретение услуг пожарной охраны и иных услуг охранной деятельности

См. статью в целом.

По уму надо смотреть все Ваши затраты по содержанию имущества в отчетном году и уже далее давать более точный ответ.

Естественно немного чуть за иную стоимость.

Касаемо же

Но бухгалтер огорошила, что налог будет выше из-за неиспользованного срока амортизации и насчитала 700+ 455+ пени, штрафы 

надуманно

Здравствуйте, Марина.

К сожалению, Ваш бухгалтер отчасти права.

Основные средства для целей УСН — это объекты, которые соответствуют признакам амортизируемого имущества по правилам гл. 25 «Налог на прибыль организаций» НК РФ, за исключением НМА (ст. ст. 256, 257, п. 4 ст. 346.16 НК РФ).

Купленное Вами помещение соответствует критериям отнесения к основным средствам и расходы на его приобретение на расходы по УСН Вы учесть имели право.

Те, кто применяет УСН с объектом «доходы минус расходы», амортизацию для расчета налога по УСН не начисляют. Они учитывают в расходах стоимость ОС, приобретенных (созданных, изготовленных) в период применения УСН, равными долями на конец каждого отчетного периода и на конец года в пределах оплаченных сумм (п. 3 ст. 346.16, пп. 4 п. 2 ст. 346.17 НК РФ).

В соответствии с пп. 1 п. 3 ст. 346.16 НК РФ расходы на приобретение основных средств, произведенные в период применения упрощенной системы налогообложения, учитываются при определении налоговой базы по налогу с момента ввода этих основных средств в эксплуатацию.

В случае реализации (передачи) приобретенных (сооруженных, изготовленных, созданных самим налогоплательщиком) основных средств и нематериальных активов до истечения трех лет с момента учета расходов на их приобретение (сооружение, изготовление, достройку, дооборудование, реконструкцию, модернизацию и техническое перевооружение, а также создание самим налогоплательщиком) в составе расходов в соответствии с настоящей главой (в отношении основных средств и нематериальных активов со сроком полезного использования свыше 15 лет — до истечения 10 лет с момента их приобретения (сооружения, изготовления, создания самим налогоплательщиком) налогоплательщик обязан пересчитать налоговую базу за весь период пользования такими основными средствами и нематериальными активами с момента их учета в составе расходов на приобретение (сооружение, изготовление, достройку, дооборудование, реконструкцию, модернизацию и техническое перевооружение, а также создание самим налогоплательщиком) до даты реализации (передачи) с учетом положений главы 25 настоящего Кодекса и уплатить дополнительную сумму налога и пени.

Штрафов платить не нужно, как видите, если сделать все в соответствии с нормами НК РФ.

Вы указываете, что купили помещение в 2019 году, то есть три года (а тем более — 10 лет) с момента учета расходов / приобретения еще не истекли.