Только у него в фамилии стоит буква ё а у меня буква е будут ли сложности

Добрый день, Марина. К сожалению, разные буквы — это проблема. Необходимо будет также представить свидетельство о рождении Ваше и запросить справки в паспортном столе, т.е. найти момент, когда именно произошла замена буквы. Все указанные документы могут послужить основанием для доказывания в миграционной службе факта Вашего родства, не смотря на то, что фамилия изменилась. В худшем случае придется поменять фамилию, лучше через суд, как допущенную кем-то из уполномоченных органов ошибку. Исковое заявление об установлении юридически значимого факта.

Будут. Надо будет обращаться в суд за установлением юридического факта.

Согласно ст. 265 ГПК РФ суд устанавливает факты, имеющие юридическое значение, только при невозможности получения заявителем в ином порядке надлежащих документов, удостоверяющих эти факты, или при невозможности восстановления утраченных документов. По смыслу данных норм юридический факт устанавливается в особом производстве (ч. 1 ст. 262 ГПК РФ), когда отсутствует необходимость разрешать спор о самом субъективном праве, существование которого зависит от наличия или отсутствия данного факта.