Заключен договор на одну компанию, поставщик предоставил услугу, оплата была произведена от другой компании, ИНН и р/счета, поставщик самозанятый, с входящей суммы, он заплатил налог

Здравствуйте, Алла! 

В том, что оплата поступила по факту от другой компании, нарушения никакого нет. По правилам ст.213 Гражданского кодекса РФ поставщик обязан принять исполнение, предложенное за должника третьим лицом, если исполнение обязательства возложено должником на указанное третье лицо.

Насколько я понимаю, поставщик является физическим лицом — самозанятым, ставка налога по полученному доходу составляет 6%.