Я могу открыть процедуру банкротства через МФЦ?

Это право пристава закрыть или нет ИП. Старайтесь попасть к нему на личный приём и  поговорить. Закрыть надо именно по этой статье и  этому пункту чтобы можно было идти в МФЦ

Статья 46. Возвращение исполнительного документа взыскателю после возбуждения исполнительного производства

1. Исполнительный документ, по которому взыскание не производилось или произведено частично, возвращается взыскателю:
4) если у должника отсутствует имущество, на которое может быть обращено взыскание, и все принятые судебным приставом-исполнителем допустимые законом меры по отысканию его имущества оказались безрезультатными;