Как поступить мне в этой ситуации?

Здравствуйте, 

Но дело в том, что у меня нет задолженности по налогам, всё оплачено всрок

— в требовании указано по какому именно налогу у Вас задолженность? Если да, то Вам нужно поднять все платежи и сверить реквизиты. Возможно в реквизитах у Вас была допущена ошибка. Если все верно и Вы уверены, что задолженности нет, то в ответе на требование укажите на это, к ответу приложите копии платежных документов.

 к тому же требование пришло не из моего отдела ФНС в котором я стою на учёте а из другого отдела и другого населенного пункта.

-Функции взыскания (урегулирования) задолженности и расчетов с бюджетом, а также отдельные функции обеспечения процедур банкротства передаются из налоговых инспекций субъекта РФ в единый центр компетенции —  долговой центр ФНС

Добрый день, Сергей Валерьевич!

В данном случае Вам необходимо направить обращение в Ваш налоговый орган, лучше всего это сделать через Ваш личный кабинет индивидуального предпринимателя или личный кабинет налогоплательщика. В указанном обращении опишите ситуацию, приложите к нему сканированный образ письма, которое пришло Вам по почте и попросите дать  разъяснения.

Рассматривая Ваше обращение, налоговый орган проведет соответствующую проверку данной ситуации и примет необходимые меры, как вариант это могла быть и какая-то ошибка, такое исключать не следует.

Надеюсь мой ответ был Вам полезен! С уважением, юрист Светлана Выприцкая.