В квартире прописаны малолетние дети, но они уехали с родителями навсегда заграницу, не успели выписаться

Собственник может снять их с регистрации через суд. 

Закон РФ от 25.06.1993 N 5242-1 (ред. от 01.07.2021) «О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации»
 
Статья 7. Снятие гражданина Российской Федерации с регистрационного учета по месту жительства
Снятие гражданина Российской Федерации с регистрационного учета по месту жительства производится органом регистрационного учета в следующих случаях:

выселение из занимаемого жилого помещения или признание утратившим право пользования жилым помещением — на основании вступившего в законную силу решения суда;