Или они сами узнают что им пришла оплата?

Александр, здравствуйте!

Согласно п. 2. ст. 121 Гражданского процессуального кодекса РФ,

2. Судебный приказ является одновременно исполнительным документом и приводится в исполнение в порядке, установленном для исполнения судебных постановлений.

Вам следует связаться с компанией, выдавшей микрозаём, и с приставом-исполнителем и уведомить их в письменном виде о погашении долга во избежание  возможных человеческих ошибок и списания денег с карты (данная практика, к сожалению, очень распространена).