Как правильно это прописать в договоре на основании статьи 346

Здравствуйте, Ирина.

Если речь идет о том, что ИП применяет УСН, и поэтому у него нет обязанностей по уплате НДС, то это совсем не обязательно указывать в договоре, так как предметом договора исполнение налоговых обязательств не является,  отсутствие таких обязанностей установлено законом, в частности п.3 ст.346.11 НК РФ

… Индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области), а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со статьями 161 и 174.1 настоящего Кодекса.

С уважением