Здравствуйте. Ситуация конечно сложная, не видя документов сложно дать именно предметную консультацию. Попробую в общих чертах сориентировать.
Во-первых, имеет смысл заявить в ФАС о недобросовестной конкуренции. Обстоятельства, которые нужно изложить:
-Вы использовали обозначение до подачи ООО заявки в Роспатент.
-ООО знал о Вашем бизнесе, когда подавал заявку.
-Вы и ООО конкурируете друг с другом.
-ООО хочет вытеснить Вас с рынка с помощью товарного знака.
-Требования ООО могут причинить Вам вред.
Одновременно, советую обратиться в Палату по патентным спорам за аннулированием товарного знака ООО.
Основание для аннулирования: до всей истории с товарными знаками у Вас возникло право на коммерческое обозначение. Так же заявляйте возражение против предоставления правовой охраны товарному знаку на основании того, что это является злоупотреблением правом.
Ну и, конечно, тщательно готовьтесь к суду, собирая все материалы, подтверждающие недобросовестность этого ООО