И как трактовать изменения ФЗ от 16.10.2019 года № 339-ФЗ "О внесении изменений в ст.15 ФЗ О статусе военнослужащих": В

Добрый день. 

В силу Закона о НИС от 2004 года № 117-фз

Основанием для исключения военнослужащего федеральным органом исполнительной власти или федеральным государственным органом, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, из реестра участников является:

1) увольнение его с военной службы;

2) исключение его из списков личного состава воинской части в связи с его гибелью или смертью, признанием его в установленном законом порядке безвестно отсутствующим или объявлением его умершим;

3) исполнение государством своих обязательств по обеспечению военнослужащего в период прохождения военной службы жилым помещением (за исключением жилого помещения специализированного жилищного фонда) иным предусмотренным нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации способом за счет средств федерального бюджета

Как видите это закрытый перечень для исключение Вашей супруги из реестра участников

Поэтому, поскольку она не будет обеспечена помещением в первом случаем в порядке, установленном актом Президента РФ, то она останется в реестре и следовательно будет имеет право на получение накоплений по НИС при наличии оснований указанных в ст.10 указанного Закона

Подобная позиция приведена Верховным судом РФ

Что касается обеспечения К… жилым помещениям в качестве
члена семьи своего супруга, то это обстоятельство могло иметь значение в
случае такого обеспеченияиным предусмотренным нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации способом, а также до исполнения государством по жилищному обеспечению административного
истца. В противном случае такой военнослужащий не может быть уверен в
стабильности своего официально признанного статуса участника
накопительно-ипотечной системы и в том, что приобретенные в силу этого
статуса права будут уважаться государством и будут реализованы, что
согласуется с правовой позицией Конституционного Суда Российской
Федерации, изложенной в постановлении от 14 января 2016 г. №1- П. 

(Определение № 224-КГ20-2-К10)

А вот если она получит накопления до получения Вами субсидии, то ее могут исключить по оснвоаниям ст. 56 ЖК РФ

1. Граждане снимаются с учета в качестве нуждающихся в жилых помещениях в случае:

..

 получения ими в установленном порядке от органа государственной власти или органа местного самоуправлениябюджетных средств на приобретение или строительство жилого помещения