По приказу которого он реализовал своё право на отпуск или же в новой части?

Здравствуйте, Макс. 

Согласно п. 6 Постановления Правительства РФ от 20 апреля 2000 г. N 354 «О порядке возмещения расходов, связанных с перевозкой военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, и членов их семей, а также их личного имущества»

6. Министерству обороны Российской Федерации и иному федеральному органу исполнительной власти (федеральному государственному органу), в котором предусмотрена военная служба, Министерству внутренних дел Российской Федерации возмещать расходы военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, и членов их семей (близких родственников), имеющих право на проезд и перевоз личного имущества на безвозмездной основе, в случае приобретения ими проездных документов (билетов) и оплаты перевоза личного имущества за свой счет.

Порядок возмещения этих расходов определяется указанными федеральными органами исполнительной власти и федеральными государственными органами, в которых предусмотрена военная служба.

Согласно приказу Министра обороны Российской Федерации от 8 июня 2000 г № 300 «О мерах по выполнению постановления Правительства Российской Федерации от 20 апреля 2000 г. № 354 «О порядке возмещения расходов, связанных с перевозкой военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, и членов их семей, а также их личного имущества»:

Во исполнение Постановления Правительства Российской Федерации от 20 апреля 2000 г. N 354 «О порядке возмещения расходов, связанных с перевозкой военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, и членов их семей, а также их личного имущества» (Собрание законодательства Российской Федерации, 2000, N 17, ст. 1883) приказываю:

1. Заместителям Министра обороны Российской Федерации, главнокомандующим видами Вооруженных Сил Российской Федерации, командующим войсками военных округов, флотами, командующему Воздушно-десантными войсками, командующим объединениями, начальникам главных и центральных управлений Министерства обороны Российской Федерации,командирам соединений и воинских частей, начальникам (руководителям) организаций Вооруженных Сил Российской Федерации, военным комиссарам возмещать военнослужащим, гражданам, уволенным с военной службы, и членам их семей (близким родственникам), имеющим право на бесплатный проезд и перевоз личного имущества:

расходы, связанные с приобретением проездных и перевозочных документов, в том числе расходы, связанные с пользованием постельными принадлежностями, проездом в вагонах повышенной комфортности, оплатой установленных на транспорте дополнительных сборов (за исключением расходов, связанных с доставкой билетов на дом, переоформлением билетов по инициативе пассажира), после осуществления проезда и перевоза, предъявления документов, подтверждающих фактические затраты по проезду и перевозу в пределах норм, установленных для соответствующих категорий военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, а также членов их семей (близких родственников);

расходы по доставке личного имущества в контейнерах от места проживания до станции (пристани, порта) отправления и от станции (пристани, порта) назначения к новому месту проживания на основании документов, подтверждающих перевозку.

По смыслу указанных норм, рапорт с проездными документами должен подаваться командиру той части в которой военнослужащий на настоящий момент проходит воинскую службу.

Здравствуйте, Макс! Согласно Приказа Министра обороны РФ от 27.12.2017 N 815  «Об определении Порядка, случаев и особенностей оформления, выдачи и использования воинских перевозочных документов, отчетности по ним и организации контроля за их использованием и установлении категорий проезда военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, и членов их семей на железнодорожном, воздушном, водном и автомобильном (за исключением такси) транспорте»:

39. Военнослужащим при переводе на новое место военной службы выдаются воинские перевозочные документы для проезда от прежнего места военной службы к новому месту военной службы.

А также:

Военнослужащим-гражданам, проходящим военную службу по контракту, при переводе на новое место военной службы выдаются воинские перевозочные документы для проезда членов их семей к новому месту военной службы военнослужащих-граждан по их выбору от прежнего места военной службы военнослужащих-граждан или от места жительства членов семей военнослужащих-граждан, если они проживают отдельно от военнослужащих-граждан.

Поэтому, ВПД должен выписать командир той части, откуда Вы переводитесь.

командир какой из воинских частей обязан компенсировать расходы, понесённые на оплату билета его супруге?

Если ВПД не использовалось, то по новому месту военной службы сдаете неиспользованные ВПД и предъявляете фактические расходы к оплате по новому месту военной службы.