Как в этом случае будет происходить определения размера претензий за просрочку?

Добрый день, вопрос не совсем понятен. 
основания для признания договора недействительным указаны в законодательстве РФ 

ГК РФ Статья 431.1. Недействительность договора
(введена Федеральным законом от 08.03.2015 N 42-ФЗ)

1. Положения настоящего Кодекса о недействительности сделок (параграф 2 главы 9)применяются к договорам, если иное не установлено правилами об отдельных видах договоров и настоящей статьей.  

2. Сторона, которая приняла от контрагента исполнение по договору, связанному с осуществлением его сторонами предпринимательской деятельности, и при этом полностью или частично не исполнила свое обязательство, не вправе требовать признания договора недействительным, за исключением случаев признания договора недействительным по основаниям, предусмотренным статьями 173, 178 и 179 настоящего Кодекса, а также если предоставленное другой стороной исполнение связано с заведомо недобросовестными действиями этой стороны. 

3. В случае признания недействительным по требованию одной из сторон договора, который является оспоримой сделкой и исполнение которого связано с осуществлением его сторонами предпринимательской деятельности, общие последствия недействительности сделки (статья 167) применяются, если иные последствия недействительности договора не предусмотрены соглашением сторон, заключенным после признания договора недействительным и не затрагивающим интересов третьих лиц, а также не нарушающим публичных интересов.

Здравствуйте!

Вы должны руководствоваться Законом РФ «О защите прав потребителей», в частности:

Статья 28. Последствия нарушения исполнителем сроков выполнения работ (оказания услуг)
1. Если исполнитель нарушил сроки выполнения работы (оказания услуги) — сроки начала и (или) окончания выполнения работы (оказания услуги) и (или) промежуточные сроки выполнения работы (оказания услуги) или во время выполнения работы (оказания услуги) стало очевидным, что она не будет выполнена в срок, потребитель по своему выбору вправе:

назначить исполнителю новый срок;

поручить выполнение работы (оказание услуги) третьим лицам за разумную цену или выполнить ее своими силами и потребовать от исполнителя возмещения понесенных расходов;

 
потребовать уменьшения цены за выполнение работы (оказание услуги);

 
отказаться от исполнения договора о выполнении работы (оказании услуги).

Потребитель вправе потребовать также полного возмещения убытков, причиненных ему в связи с нарушением сроков выполнения работы (оказания услуги). Убытки возмещаются в сроки, установленные для удовлетворения соответствующих требований потребителя.

5. В случае нарушения установленных сроков выполнения работы (оказания услуги) или назначенных потребителем на основании пункта 1 настоящей статьи новых сроков исполнитель уплачивает потребителю за каждый день (час, если срок определен в часах) просрочки неустойку (пеню) в размере трех процентов цены выполнения работы (оказания услуги), а если цена выполнения работы (оказания услуги) договором о выполнении работ (оказании услуг) не определена — общей цены заказа. Договором о выполнении работ (оказании услуг) между потребителем и исполнителем может быть установлен более высокий размер неустойки (пени).

Неустойка (пеня) за нарушение сроков начала выполнения работы (оказания услуги), ее этапа взыскивается за каждый день (час, если срок определен в часах) просрочки вплоть до начала выполнения работы (оказания услуги), ее этапа или предъявления потребителем требований, предусмотренных пунктом 1 настоящей статьи.

Неустойка (пеня) за нарушение сроков окончания выполнения работы (оказания услуги), ее этапа взыскивается за каждый день (час, если срок определен в часах) просрочки вплоть до окончания выполнения работы (оказания услуги), ее этапа или предъявления потребителем требований, предусмотренных пунктом 1 настоящей статьи.

Сумма взысканной потребителем неустойки (пени) не может превышать цену отдельного вида выполнения работы (оказания услуги) или общую цену заказа, если цена выполнения отдельного вида работы (оказания услуги) не определена договором о выполнении работы (оказании услуги).

 
Размер неустойки (пени) определяется, исходя из цены выполнения работы (оказания услуги), а если указанная цена не определена, исходя из общей цены заказа, существовавшей в том месте, в котором требование потребителя должно было быть удовлетворено исполнителем в день добровольного удовлетворения такого требования или в день вынесения судебного решения, если требование потребителя добровольно удовлетворено не было.

Таким образом, неустойка за нарушение сроков не может быть ниже 3% за каждый день просрочки. Она может быть только выше. Неустойка не может ограничиваться определённой суммой (в Вашем случае 5000 рублей), но она и не должна превышать полной стоимости самого заказа.

Ваше условие договора:

Согласно договору с клиентом, мы ограничиваем размер компенсации в случае просрочки выполнения работы суммой 5тыс

 ничтожно, на основании пункта 1 статьи 16 Закона РФ «О защите прав потребителей»:

Статья 16. Недействительность условий договора, ущемляющих права потребителя
1. Условия договора, ущемляющие права потребителя по сравнению с правилами, установленными законами или иными правовыми актами Российской Федерации в области защиты прав потребителей, признаются недействительными.

 
Если в результате исполнения договора, ущемляющего права потребителя, у него возникли убытки, они подлежат возмещению изготовителем (исполнителем, продавцом) в полном объеме.