Мы купили нежилое помещение за 700 000 рублей - магазин, далее занимались в нем продажей по УСН, спустя менее года

Здравствуйте! Налоговая права в данном случаи. Доход будет определяться на основании конечной суммы отраженной в договоре купли-продажи.

 при расчете налоговых обязательств по УСН учитываются фактически полученные налогоплательщиком доходы, установленные договором купли-продажи и подтвержденные первичными документами (ст. 346.24 НК РФ, п. 1.1 Порядка заполнения Книги учета доходов и расходов организаций и ИП, применяющих УСН, утвержденного приказом Минфина России от 22.10.2012 N 135н). То же самое касается и дохода, признаваемого в бухгалтерском учете (п.п. 6, 12 ПБУ 9/99 «Доходы организации»)*(3). Стоит заметить, что в бухгалтерском учете доход определяется исходя из договорной стоимости вне зависимости от применяемой продавцом системы налогообложения, в том числе при ОСНО (в рамках которой ИП уплачивают НДФЛ).
Таким образом, налоговую базу по УСН, как и выручку в бухгалтерском учете, будет формировать доход в размере цены, согласованной сторонами в договоре купли-продажи

www.garant.ru/consult/business/1410610/

Магазин покупался как физ. Лицо и продавался физ. Лицо, деньги поступали на счёт физ.лица Кадастровая стоимость объекта 200 000 рублей

 Никита, добрый день! Это не столь важно. Важно использовалось или нет данное имущество для осуществления предпринимательской деятельности. Если использовалось и на момент получения дохода по прежнему действовал налоговый режим УСН полученный от продажи доход должен учитываться в рамках данного налогового режима и соот. налог с полученного дохода должен уплачиваться в рамках УСН с учетом применяемого в рамках него объекта налогообложения.