Можно ли признать внесенные изменения в договор не действительными, если Заказчик не внес эти изменения в ЕИС?

Здравствуйте, Елена.

Нет, основания для признания изменений договора недействительными в таком случае отсутствуют. 

Обязанность по размещению в реестре договоров установлена для заказчиков ст. 4.1 закона 223-фз. Невыполнение этой обязанности заказчиком на действительность сделки не влияет.

Здравствуйте!

Федеральный закон от 18.07.2011 N 223-ФЗ  «О закупках товаров, работ, услуг отдельными видами юридических лиц», ст.4,4.1

Насколько я понял из вопроса сам договор включен в реестр договоров в ЕИС, однако, не включены изменения.

Это зона ответственности заказчика, он и его должностные лица  отвечают. Должен заказчик  внести был в ЕИС также и изменения, если имелось дополнительное соглашение.

Однако, на действительность заключенного договора эти нарушения со стороны заказчика никак не влияют.Основания признавать недействительными внесенные изменения только лишь по этой причине отсутствуют, Ст.166-181 ГК РФ.