Вопрос, можно ли как то продать недострой и вложить деньги в иппотеку (частично погасив её)?

Здравствуйте! Такую сделку можно провести только по согласованию с органами опеки и попечительства, так как объект недвижимости был куплен за счет средств материнского капитала.

СК РФ Статья 60. Имущественные права ребенка

При осуществлении родителями правомочий по управлению имуществом ребенка на них распространяются правила, установленные гражданским законодательством в отношении распоряжения имуществом подопечного.

Здравствуйте.

можно ли как то продать недострой и вложить деньги в иппотеку (частично погасив её)? Так же выделить доли детям в новом доме

 Да, это можно сделать, но чтобы Росреестр пропустил сделку, вам помимо общего пакета документов придется приложить письменное согласие от органов опеки.

ст. Федеральный закон от 24.04.2008 N 48-ФЗ (ред. от 30.04.2021) «Об опеке и попечительстве»

2. Органы опеки и попечительства дают опекунам и попечителям разрешения и обязательные для исполнения указания в письменной форме в отношении распоряжения имуществом подопечных.

Вообще сомневаюсь, что такое разрешение выдадут, ведь по сути приобретаемый объект находиться в залоге у банка, и иногда бывают случаи когда опека отказывает в предоставлении разрешения, мотивируя тем, что сделка ущемляет права несовершеннолетних. Отказ можете обжаловать в судебном порядке, в суде можно ссылаться на то, что вы приобрели готовый дом вместо недостроенного объекта и таким образом улучшили имущественное положением детей. 

Впрочем, если разрешение вам выдадут, то после погашения ипотеки необходимо в обязательном порядке выделить доли детям, иначе опека может принудить вас это сделать в судебном порядке.