Ликвидировали ип в связи с окончанием срока действия внж

Добрый день! 

Согласно ст. 22.3 ФЗ от 08.08.2001 N 129-ФЗ

6. Государственная регистрация при прекращении физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя в связи с аннулированием документа, подтверждающего право данного лица временно или постоянно проживать в Российской Федерации, или окончанием срока действия указанного документа осуществляется
на основании поступившей в регистрирующий орган в установленном Правительством Российской Федерации порядке информации об аннулировании указанного документа или на основании окончания срока его действия с учетом содержащихся в государственном реестре сведений о таком сроке.

Информация о продлении ВНЖ относится к сведениям, которые следовало сообщить в регистрирующий орган. В соответствии со ст. 22.2 этого же ФЗ вам нужно было предоставить в регистрирующий орган заявление о внесении изменений об ИП, содержащихся в ЕГРИП, приложить копию документов, подтверждающих продление вида на жительство. 

Таким образом, даже, если соответствующая информация в ИФНС не поступила по каким то причинам из МВД, сообщить данную информацию следовало вам

Возможно регистрация при прекращении деятельности ИП была совершенна на основании имеющихся в реестре сроках действия ВНЖ, соответственно сроки закончились, ИФНС осуществил регистрацию данного факта. При этом информации о продлении ВНЖ в ИФНС не поступало.