Можно ли в договоре залога указать СТС а не ПТС как доказательство право собственности на Транспортное Средство?

У вас могут быть разные подтверждающие документы в зависимости от того, по какому основанию вы приобрели автомобиль, например: договор (купли-продажи, мены и др.), документ о передаче (обычно это акт), решение суда.
Право собственности могут подтвердить документы, индивидуализирующие транспортное средство:
1)    паспорт транспортного средства. В нем есть сведения о собственнике, регистрации автомобиля и документе, на основании которого возникло право собственности (п. п. 27, 32.2 Приложения N 3 к Приказу МВД России от 23.04.2019 N 267);
2)    свидетельство о регистрации транспортного средства, но не всегда. В частности, если автомобиль зарегистрирован на лизингополучателя, то в свидетельстве о регистрации может быть указан именно он как владелец автомобиля, а не его собственник (п. 28 Приложения N 4 к Приказу МВД России от 23.04.2019 N 267).