Не аукнется ли это проблемами?

При подаче рапорта об отказе от специальной операции, как показывает складывающаяся практика, это емумаксимально грозит увольнением в связи с невыполнением условий контракта (НУК), на основании п. 2 ст. 51 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»

2. Военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, может быть досрочно уволен с военной службы:
в) в связи с невыполнением им условий контракта;

С мотивацией, что он, отказавшись от участия в СВО, допустил значительные (существенные) отступления от требований законодательства о воинской обязанности и военной службе, свидетельствующие об отсутствии у военнослужащего необходимых качеств для надлежащего выполнения обязанностей военной службы.

Негативным последствием в его случае будет лишь направление его для прохождение военной службы по призыву, если к моменту принятия решения об увольнении, срок его контракта не истечет.

Однако, также стоит учитывать, что у него в таком случае срок продлится на незначительное число дней.

Иные негативные последствия подачи такого рапорта для него отсутствуют. Увольнение по НУК в перспективе также не влечет для него каких-либо негативных последствий. 

Если он служит в ВС РФ, то ему следует подать рапорт о проведении с ним необходимых мероприятий при увольнении, для чего направить его в ППД.

В соответствии с Приказом МО РФ № 660 от 2015 года, с ним должны быть проведены необходимые мероприятия.

В частности

Командир (начальник) воинской части:

а) за шесть месяцев до достижения военнослужащим предельного возраста пребывания на военной службе или окончания соответствующего контракта:

уточняет у военнослужащего вопрос заключения им нового контракта, учитывая наличие необходимой выслуги лет для назначения пенсии за выслугу лет, состояние здоровья, обеспеченность жилым помещением по установленным нормам;

обеспечивает направление личного дела военнослужащего, подлежащего увольнению, в соответствующий орган, уполномоченный осуществлять подсчет выслуги лет на пенсию;

направляет военнослужащего (по его желанию) на медицинское освидетельствование в соответствующую военно-врачебную комиссию (далее — ВВК);

предоставляет военнослужащему ежегодный основной отпуск и дополнительные (если таковые имеются) отпуска соответствующей продолжительности, а также дополнительные сутки отдыха за исполнение обязанностей военной службы в рабочие дни сверх установленной продолжительности еженедельного служебного времени (привлечение к исполнению обязанностей военной службы в выходные и праздничные дни) с расчетом их завершения ко времени издания приказа по личному составу об увольнении военнослужащего с военной службы;
б) организовывает за четыре месяца до достижения военнослужащим предельного возраста пребывания на военной службе или окончания соответствующего контракта проведение аттестации военнослужащего;
в) за три месяца до достижения военнослужащим предельного возраста пребывания на военной службе или окончания соответствующего контракта:

доводит до военнослужащего принятое решение о его дальнейшем служебном предназначении;

проводит беседу с военнослужащим о предстоящем увольнении с военной службы с привлечением при необходимости представителей кадрового органа и юридической службы. В ходе беседы с военнослужащим оформляется лист беседы по рекомендуемому образцу согласно приложению N 9 к настоящему Порядку.

В рапорте пусть все это укажет и требует выполнения этих мероприятий.

Все таки отказ от СВО лучше не писать, поскольку обидно будет отслужив весь срок уволиться по отрицательным мотивам.

Да и командование явно действует недобросовестно

Не аукнется ли это проблемами?

 Особых глобальных проблем тут не предвидится, но в частности он будет лишен права на выплату при увольеннии.

В силу Закона от 7 ноября 2011 г. N 306-ФЗ «О денежном довольствии военнослужащих и предоставлении им отдельных выплат» 

....

3. Военнослужащему, проходящему военную службу по контракту, общая продолжительность военной службы которого составляет менее 20 лет, при увольнении с военной службы выплачивается единовременное пособие в размере двух окладов денежного содержания, а военнослужащему, общая продолжительность военной службы которого составляет 20 лет и более, выплачивается единовременное пособие в размере семи окладов денежного содержания.

...

4. Единовременное пособие, указанное в части 3 настоящей статьи, не выплачивается военнослужащему, проходящему военную службу по контракту, при увольнении его с военной службы:

..

7) в связи с невыполнением условий контракта

Он должен будет сдать имущество личного пользования с неистекшим сроком носки, а при невозможности — оплатить это имущество

В силу Постановление Правительства РФ от 22 июня 2006 г. N 390 «О вещевом обеспечении в федеральных органах исполнительной власти и федеральных государственных органах, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, в мирное время» 

...

Возврату подлежит:

вещевое имущество личного пользования, срок носки которого не истек, выданное военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, в случае их увольнения с военной службы по основаниям, предусмотренным подпунктами «д» — «з», «л» и «м» пункта 1 и подпунктами«в» — «е.2» и «з» — «л» пункта 2 статьи 51 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе»